Sistem Güvenliği ve İşletim Sistemleri Şefliğinin görevleri şunlardır:

1)    Sistem odası güvenliğini sağlamak ve kamera sistemlerini kontrol etmek,

2)    Başkanlık geçiş sistemlerini kontrol etmek ve sunucuların bakımlarını yapmak,

3)    Bakanlık personeli kullanıcı hesapları işlemlerini yürütmek,

4)    Bakanlık kampüs kullanıcı bilgisayarlarına işletim sistemleri, virüs koruma programları ve diğer yazılımların merkezi olarak kurulum ve güncelleme işlemlerinin yapılmasını sağlamak,

5)    Verilen hizmetlere erişim güvenliği politikalarını belirlemek ve uygulamak,

6)    Sunucu parkını yönetmek, izlemek ve sunucuların düzenli yedeğini almak,      gelişen sanallaştırma teknolojileri doğrultusunda gerekli düzenlemeleri yapmak,

7)    İhtiyaç duyulan yönetim tekniklerinin geliştirilmesi amacı ile betikler oluşturmak,

8)    Sistem odasının idamesi ve yönetilmesi için gerekli çalışmaları yapmak, fiziki güvenlik politikalarını geliştirmek ve uygulamak,

9)    Sistem yönetiminde görevli personel için gerekli yönetim altyapısını kurmak ve yönetmek,

10)    Proje Yönetimi ve Ar-Ge Şube Müdürlüğü tarafından belirlenen stratejilere göre eylem planları ve iş süreçlerinin hazırlanması, iş planı ve zaman takviminin projelerin ilerleme verilerine göre güncel tutulmasını sağlamak,

11)    Standart Dosya Planı dâhilinde evrak kayıt, dağıtım, dosyalama, gönderme ve arşivleme, birimine ait yazışmaların dosyalama işlemlerini yapmak, sonuçlandırmak ve muhafaza etmek,

12)    Şube ile ilgili olan yazışmaları yürütmek,

13)    Diğer şubeler ve bürolar ile ortak çalışmalarda gerekli iş ve işlemleri yerine getirmek,

14)    Görev alanına giren konulara ilişkin teknik şartnameleri hazırlamak,

15)    Başkanlık tarafından verilen diğer görevleri yerine getirmektir.