Avrupa Birliği ve Dış İlişkiler Dairesi Başkanlığı, 01.11.2000 tarihinde Dış İlişkiler ve Avrupa Birliği Koordinasyon Dairesi Başkanlığı adını almadan önce Özel Kalem Müdürlüğü bünyesinde bir çalışma birimi şeklinde kurulmuştur.
İzleyen dönemde farklı Bakan Olurları’na istinaden kurumsal yapısında değişikliğe gidilmiş, 17 Ağustos 2011 tarihinde İçişleri Bakanlığı Teşkilat Yasasında yapılan değişiklik ile Avrupa Birliği ve Dış İlişkiler Dairesi Başkanlığı adını alarak yasal statüsüne kavuşmuştur.